В соответствии с Приказом Минобрнауки России от 14.02.2014 No115 «Об утверждении Порядка заполнения, учета и выдачи аттестатов об основном общем и среднем общем образовании и их дубликатов». Аттестат об основном общем образовании и приложение к нему выдаются лицам, завершившим обучение по образовательным программам основного общего образования и успешно прошедшим государственную итоговую аттестацию. Итоговые отметки за 9 класс по русскому языку и математике определяются как среднее арифметическое годовой и экзаменационной отметок выпускника и выставляются в аттестат целыми числами в соответствии с правилами математического округления. Итоговые отметки за 9 класс по другим учебным предметам выставляются на основе годовой отметки выпускника за 9 класс. Итоговые отметки по алгебре и геометрии выставляются на основе годовых отметок выпускника за 9 класс.

С учетом того, что пункт про учет отметок по математике и русскому языку в приказе не изменился, то и это письмо продолжает быть актуальным, а следовательно нет никаких оснований делать напоминание об этом. Аналогичная ситуация с историей России и всеобщей историей.
Справедливо ли это?
Мы добрались до самого интересного! Справедливым решением учащиеся и родители, обычно считают только то, что работает в их пользу. Но тут сразу отметается принцип объективности. Что справедливо для одних, далеко несправедливо для других. Кто-то хочет учета экзамена, а кто-то нет.
Давайте обратимся к рекомендованным и утвержденным шкалам оценивания по математике.
ФИПИ рекомендует:

Рекомендуемый минимальный результат выполнения экзаменационной работы, свидетельствующий об освоении Федерального компонента образовательного стандарта в предметной области «Математика», – 8 баллов, набранные в сумме за выполнение заданий всех трёх модулей, при условии, что из них не менее 3 баллов по модулю «Алгебра», не менее 2 баллов по модулю «Геометрия» и не менее 2 баллов по модулю «Реальная математика»

РЦОИ Москвы утвердил шкалу оценивания:

* Из них не менее 4 баллов за грамотность (по критериям ГК-1 – ГК-4). Если по критериям ГК1–ГК4 обучающийся набрал менее 4 баллов, выставляется отметка «3».

**Из них не менее 6 баллов за грамотность (по критериям ГК-1 – ГК-4). Если по критериям ГК1–ГК4 обучающийся набрал менее 6 баллов, выставляется отметка «4».

Получается, что для математики в этом году сняты минимальные требования по модулям «Алгебра», «Геометрия», «Реальная математика» (поправьте в комментариях, если не прав)
А официальной интерпретации баллов по отдельным модулям на этот год я вообще не нашел.
Пример:
Возьмем шкалу оценивания 2016 года из Интернета с любого профильного сайта

Шкала пересчета суммарного балла за выполнение заданий, относящихся к разделу «Алгебра» в отметку по алгебре

•  0—4 баллов — отметка «2»

•  5—10 баллов — отметка «3»

• 11—15 баллов — отметка «4»

• 16—20 баллов — отметка «5»

Шкала пересчета суммарного балла за выполнение заданий, относящихся к разделу «Геометрия» в отметку по геометрии

• 0—2 баллов — отметка «2»

• 3—4 баллов — отметка «3»

• 5—7 баллов — отметка «4»

• 8—12 баллов — отметка «5»

Ученик набирает 15 баллов на модуле алгебра, 0 – геометрия, 0 – реальная математика. Итоговая отметка по математике 4 (хорошо), что дает ему основание получить аттестат.
При этом модуль «Алгебра» – 4 (хорошо), а «Геометрия» – 2 (неудовлетоворительно). И тут же ученик попадает под действие ст. 59 закона об образовании 273-ФЗ. Неудовлетворительные результаты на итоговой аттестации не позволяют получить аттестат об основном общем образовании.

Остается добавить, что по состоянию на 2018 год по рекомендациям ФИПИ нет разделения отметки по математике на алгебру и геометрию, есть только рекомендованное условие, что в сумму баллов должно включаться не менее 2х по геометрии. Но окончательная шкала перевода формируется региональными центрами обработки информации при сопровождении ОГЭ.
P.S. Надеюсь, что дал исчерпывающий, обоснованный и объективный ответ по этому сложному вопросу.
Что учитывать в аттестате решать самой школе, ей же нести ответственность за свое решение.